インボイス制度が始まりましたが、お悩みは、登録番号のあるインボイスがもらえないときに出てくるのだと思います。
※消費税が免税・2割特例・簡易課税の事業者様は、この記事を読む必要はございません
社員の旅費交通費を精算したいが、インボイスがない
Q. これまで、社員から交通費精算書を毎月提出してもらい、月に1回、社員に振り込んでいました。交通費は実費精算することになっています。この場合、インボイスがもらえませんが、いままでどおり経費精算してもいいのでしょうか？
A. いままでどおり、経費精算してかまいません。インボイスがもらえなくてもOKです（実費を確認するためにもらってもOKです）。
条件は、仕事先に移動するための旅費の実費精算であり、社員が得をしていないことです。会社としてムダな経費を使わないという、ふつうの処理をしていれば、問題ありません。
インボイス制度は、「課税事業者であることを、登録番号で確認できる」支払先から購入した場合、消費税分損しない（いままでどおり）、という制度です。
旅費の精算については、インボイスがなくても、会計ソフトに「インボイスなし」「免税事業者からの仕入れ」といった入力をしなくてよい特例があります。
つまり、いままでどおりの入力でよいのです。
「インボイスがもらえなくてもOK」の意味と、注意点
「インボイスがなくてもOK」とは、どういう意味でしょうか？
それは、「誰から買ったものでもOK」……支払先が、インボイスの登録をしているか、確認しなくてよいという意味です。
一つ注意点が。買うのは誰からでもいいのですが、その買ったものには、消費税がかかってますか？
宿泊費のうち宿泊税・入湯税や、海外渡航費については、消費税がかかっていませんので、この「旅費精算のインボイス特例」は使えません。
損益やキャッシュアウトの正確性を期すためには、金額を分けて入力する必要があります（実際に気をつけるのは、金額の多い出張旅費の精算をするときですかね）。